Задолго до того, как начались события God Eater 3, многие регионы были превращены в необитаемые и враждебные пустынные земли, по которым летают маленькие частицы, поглощающие и разрушающие всё, к чему они прикоснутся. Немногочисленные люди, пережившие эти катастрофические события, сумели создать подземные базы, которые называются портами, и перебраться в них. И, не смотря на то, что люди всякий раз умудряются дать отпор чудовищам, пусть и весьма высокой ценой, монстры всегда эволюционируют и предпринимают новые попытки одолеть взбунтовавшийся провиант. Так на свет появились совершенно новые свирепые Арагами – Анубис и Ра, которые бросят вызов Пожирателям Богов, некоторые из которых, к слову, также подверглись изменениям.
В среде борцов за светлое будущее учёные сумели вывести новых Адаптивных Пожирателей Богов (АПБ), которые отличаются от предшественников своим строением. С точки зрения генетики АПБ стали ещё ближе к Арагами, что делает их сильнее и смертоноснее в бою, а также устойчивее к всепоглощающим частицам. Один из членов АПБ – Хьюго Пенниворт, Пожиратель Богов, прибывший из порта Пенниворта. Главный герой и Хьюго росли вместе, а потому очень близки, причём оба паренька стали члена элитного отряда АПБ в довольно таки юном возрасте. Хьюго очень сообразительный и всегда готов к решительным действиям, что делает его идеальным лидером команды. Ну, а для главного героя он больше походит на роль брата, нежели командира.
God Eater 3 также может похвастаться новыми типами оружия: сдвоенными клинками «The Biting Edge», которые позволят выполнять быстрые взмахи и колющие удары двумя лезвиями сразу, а также стрелковым оружием «Ray Gun», из которого можно подстрелить цель, находящуюся на весьма отдалённом расстоянии, если, конечно, правильно рассчитать выстрел. В дополнение ко всему этому игра обзаведётся обновленной боевой системой, которая позволит существенно увеличить мощь игроков. Система взаимодействия между персонажами активируется только тогда, когда герои находятся рядом друг с другом, ну а чтобы активировать пассивные навыки, вроде ускорения, необходимо выполнить определенные условия. Например, вовремя выставить блок и защититься от урона.
God Eater 3 выйдет когда-нибудь на PlayStation 4 и персональных компьютерах.